1. חומרי גלם שונים
חומרי הגלם להכנת נייר טואלט ונייר טישו שונים. בחומרי גלם לייצור נייר, עיסת ראשונית מתייחסת לסיבים ראשוניים טהורים, לרבות עיסת עץ ראשונית, עיסת במבוק, עיסת קש וכו'. עיסת מחודשת, לעומת זאת, היא תמיסה העשויה מחומרים ממוחזרים, כולל עץ ממוחזר, במבוק, עיסת דשא וכו' על פי התקנים הלאומיים, השימוש בעיסה ממוחזרת מותר בייצור נייר טואלט, בעוד שנדרשות דרישות מחמירות לייצור נייר טישו. לא ניתן להשתמש בעיסה ממוחזרת, ויש להשתמש בעיסה גולמית.
2. תקני היגיינה שונים
תקני ההיגיינה המשמשים בייצור נייר טואלט ונייר טישו שונים אף הם, עם דרישות שונות לאינדיקטורים כגון קשיחות לחות, תכולת חיידקי נייר ויכולת העברה של חומרי הלבנה פלורסנטים. מבחינת תכולת החיידקים בנייר, נייר טואלט דורש ספירת מושבות חיידקים הכוללת של לא יותר מ-600 לגרם, בעוד נייר טישו דורש ספירת מושבות חיידקים של 200 לגרם.
יש הבדל בין נייר טואלט לנייר טישו. בשל הנטייה של נייר טואלט להישבר בעת ניגוב הפנים, המרקם מחוספס, ותקני ההיגיינה אינם מחמירים כמו נייר טואלט, מומלץ להשתמש בנייר טואלט במקום. לרקמות הפנים יש מידה מסוימת של עמידות ללחות וניתן להשתמש בהן לניקוי פנים וידיים לאחר הרטבה. עם זאת, לא מתאים להחליף נייר טואלט מכיוון שהוא עלול לסתום את האסלה; וניתן להשתמש במפיות במהלך הארוחות כדי לנגב את הפה.
