למרות היתרונות שלהם,שקיות נייר מלטיש חסרונות עיקריים המגבילים את השימוש בהם בתרחישים מסוימים:
עמידות רטיבות נמוכה
אפילו עם ציפויים/ציפויים, הנייר אינו עמיד למים לחלוטין-חשיפה ממושכת לגשם או רטיבות תרוות את הנייר, ותגרום לקרעים ולהידרציה של מלט.
עמידות נמוכה
נייר נקרע בקלות אם מנקב (למשל על ידי כלים חדים באתרי בנייה) או עומס יתר (שקיות לא יכולות להחזיק יותר מ-50 ק"ג בבטחה).
חוסר יעילות בתפזורת
הובלת טון אחד של מלט דורשת שקיות נייר של 20 על 50 ק"ג-זה פחות יעיל משק סופר אחד (שמכיל 1-2 טון), ומגדיל את עלויות ההובלה עבור פרויקטים גדולים.
שימוש יחיד-
רוב שקיות הנייר מיועדות לשימוש אחד (הנייר נחלש לאחר מילוי/ריקון, ולעיתים קרובות ניזוק התוחם בפתיחה).








